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震撼!华大LUSH基因序列比对加速工具集再次突破计算极限!

2023-01-02 11:11:46 栏目 : 科技资讯大全 围观 : 0次

 2017年5月,19岁的对世界围棋第独自方面柯洁九段在和Alp智能家居产品有哪些HaGo的围棋终智能家居产品有哪些极人机大战以0:3完败,与此不仅如此 是人类智能家居产品有哪些生智能家居产品有哪些活顶尖高手与这台机器相互之间之相互之间之间然后二次较量,同年10月 《Nature》杂志发表了少于它所有人此前版本的AlphaGo Zero。是一重大成效向对世界展示了构建系统中腾讯图片学持续智能家居产品有哪些性完成复杂工作任务的基本,而其背后所代表者与此不仅如此 运算能力全面,是计算机科学的分支相应领域--高能计算(High Performance Computing),基本 际应用与此不仅如此他成 了国家的综合个人实力 的体现,更给人们生活的日常为什么生活 会带回来了被发生改变,现阶段该技术方面已在航空航天、核试验模拟、天气预报、生命旅程科学、高新制造(汽车、电子)等相应领域重大成效了广泛应用。

以生命旅程科学相应领域举例,逐渐被 被 生命旅程遗传密码(基因组)的逐渐被 破解,人的生老病死是一复杂事是真正的用数字化的多种渠道详细呈现,以期持续性完成疾病的精准深入分析 、诊断和治疗后,叫人们生活远离传感染疾病、防控出生缺陷、肿瘤和心脑血管疾病,整体提升人均预期寿命,并大幅度整体提升社会中卫生负担。

二十年来,独自方面全基因组测序的成本以“超摩尔定律”的加速度度下降,而高能计算在测序其他数据深入分析 主方向的应用也为什么发生了翻天覆地的被发生改变。现阶段对世界主流的基因组测序其他数据深入分析 工具是Broad Institute开发的免费开源工具集GATK(Genome Analysis Toolkit),该项生命旅程科学相应领域公认的最佳工作时流程持续性完成三独自方面的全基因组(Whole Genome Sequencing,WGS)30X其他数据深入分析 真正的1800分钟。深耕于基因组学20多年的华大基因在基因组高能计算相应领域再获突破进展,于日成功后持续性完成6分钟持续性完成30X WGS全流程的深入分析 工作任务,相较于GATK其他标准计算时长提速300倍。

根据实际NIH公布的最新资料,逐渐被 被 测序技术方面的迅速发展,测序成本以超摩尔定律下

https://www.genome.gov/about-genomics/fact-sheets/DNA-Sequencing-Costs-Data

6分钟持续性完成30X WGS工作任务是由华大基因自主研发的LUSH工具集持续性完成的,打破了该各种软件在2020年1月创造的15分钟极限加速度度。其中其中包括的黑科技是是因为采用传统了全的新底层架构风格采用传统,公司提供 了认知基础中央直接处理器和图形直接处理器相运用予以 基因其他数据深入分析 的高能加速度方案,在整体提升集群计算资源消耗、整体提升检出加速度度的与此不仅如此,持续性完成了全程自动化、其它信息化,有记录可回溯,真正的更完美地用于精准医学的应用场景。

LUSH工具集加速度的的新底层架构逻辑

LUSH工具集公司提供 是这种“CPU+GPU”的高并行软硬件核心解决好方案,认知基础经典流程中有各种软件模块BWA、SAMTOOLS和GATK,多种渠道GPU的通用运算技术方面,予以 计算引擎和加速度引擎的的新架构风格采用传统,持续性完成算法优化和并行化直接处理,并运用华大自主研发的超高通量测序仪,持续性完成碱基其他数据流的超高速深入分析 ,然后再获准确的深入分析 然后。

LUSH工具集加速度流程示意图

是是因为基本 生命旅程数字化进程真正的严谨的科学其精神,而其应用场景再就 体现阶段的精准医疗、健康管理等与人类生活健康的的息息相应的相应领域,基本同的于所有人高能计算相应领域,基因组其他数据深入分析 对精度有极高的规定要求。而基本 高能和准确并没法基本兼得,其他数据之内、分布和浮点精度、峰值能和内存都要造成影响算法的可以选择,对于涉及到之一最优解和似解的算法基本大相径庭。LUSH工具集是是因为予以 在经典流程算法的认知基础上多种渠道了其的新风格采用传统的底层架构逐步明显减少了左边然后的读写,并多种渠道CPU持续性完成基因深入分析 工作任务的智能分发,多种渠道GPU数千计算核心持续性完成百万工作任务的极速并行直接处理,与此不仅如此核心解决好了经典流程计算密度较高、频繁地存储器访问等核心解决好,几经 测试其其他标准品的准确然后与经典流程一致,少于99.86%,基本其真正的在计算然后的准确与极速上得以衡。

更优越的能、更低的成本和更高效的检出是所有人高能计算应用相应领域的研发追求近期目标。对加速度组件的持续性研发腾讯图片对加速度度无止境的追求,正如新手机芯片整体行业的迅速发展是逐渐被 被 移动端实际需求的旺盛,技术方面才得以逐渐被 地迭代和进步。从基因组学认知基础专门研究 到临床专门研究 及应用,持续性完成测序工具的自主可控的与此不仅如此也真正的持续性完成数学利用技术上能 自主研发,而不基本 追求芯片的底层下潜开发。对后者是无止境的追求,而真正的 前者的基本可控真正的 持续性完成从跟随模仿到真正的 超越的基本,从核心算法的研发上助力中国国内国内精准医疗自主可控的迅速发展进程。

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